Gen-Umwelt Netze

Die Analyse der Zeitreihendaten, die zur Genuntersuchung aus DNA-Microarray-Chip-Experimenten erhalten werden, ist ein schwieriges Problem, das wichtige Anwendungen in den Bereichen Lebens- und Umweltwissenschaften, Computational Biology und Ingenieurwissenschaften hat. Ziel ist es, die Wechselwirkungen jeweils eines der Gene mit den anderen anhand von experimentellen Daten und Daten aus Umwelt-Messungen zu verstehen.

Wir analysieren zeitdiskrete regulatorischen Systeme, insbesondere für Gen-Umwelt-Netze, in denen die Variablen die Gene und weitere externe Faktoren (z.B. Transkriptionsfaktoren, Giftstoffe oder Strahlung) darstellen. Wir führen eine Formulierung als gemischt-ganzzahligen nichtlineares Programm (MINLP) ein und vergleichen experimentell unterschiedliche Diskretisierungsmethoden.

Partner

  • Çankaya University, Ankara, Turkei
  • Middle Eastern Technical Univ., Ankara, Turkei

Veröffentlichungen

  1. Liana Amaya Moreno, Özlem Defterli, Armin Fügenschuh, Gerhard-Wilhelm Weber, Vester's Sensitivity Model for Genetic Networks with Time-Discrete Dynamics, Technical Report, Angewandte Mathematik und Optimierung Schriftenreihe AMOS#1, 2014.
  2. Özlem Defterli, Armin Fügenschuh, Gerhard-Wilhelm Weber, Modern Tools for the Time-Discrete Dynamics and Optimization of Gene-Environment Networks , Communications in Nonlinear Science and Numerical Simulation, Vol. 16, No. 12, pp. 4768 – 4779, 2011.
  3. Özlem Defterli, Armin Fügenschuh, Gerhard-Wilhelm Weber, Modern Tools for the Time-Discrete Dynamics and Optimization of Gene-Environment Networks , 3rd Conference on Nonlinear Science and Complexity (NSC10), 2010.
  4. Özlem Defterli, Armin Fügenschuh, Gerhard-Wilhelm Weber, New Discretization and Optimization Techniques with Results in the Dynamics of Gene-Environment Networks , 3rd Global Conference on Power Control and Optimization (PCO 2010), 2010.

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