Der Lehrstuhl Gewässerschutz ist Teil der Fakultät 2 für Umwelt und Naturwissenschaften an der BTU Cottbus - Senftenberg. Es bildet mit den Lehrstühlen Hydrologie und Wasserressourcenbewirtschaftung, Wassertechnik und Siedlungswasserbau sowie Biotechnologie der Wasseraufbereitung den Lehr- und Forschungskomplex "Wasser".
Im Grundstudium vermittelt der Lehrkomplex "Wasser" gemeinsam mit den Komplexen "Boden" und "Luft" naturwissenschaftliche und technische Grundlagen. Im weiterführenden Fachstudium Umweltingenieurwesen bietet der Lehrkomplex "Wasser" eine eigenständige Vertiefungsrichtung an.
Die BTU Cottbus - Senftenberg verfügt als einzige Universität Deutschlands über einen eigenständigen Lehrstuhl Gewässerschutz. Dies verpflichtet den Lehrstuhl, im Bereich seiner Forschung neben grundlegenden Arbeiten zur Gewässerökologie den Schwerpunkt auf die angewandte Forschung zum Thema Gewässerschutz zu legen.