Der Studiengang Architektur wurde 1993 als erste tragende Säule der Fakultät für Architektur, Bauingenieurwesen und Stadtplanung etabliert. Er steht dabei methodisch zwischen dem eher technisch-wissenschaftlich definierenden Bauingenieurwesen und der sich eher raumumgreifenden Stadtplanung. Die Fakultät verbindet im sogenannten "Cottbusser Modell" die drei klassischen Disziplinen des Bauens und Planens zu einem integriertem Studium, z.B. in Form studiengangsübergreifender Lehre. Der Studiengang genießt den Ruf einer sehr fundierten Ausbildung. Dies liegt an der engen Betreung durch die Lehrenden und an den großen Ateliers, in denen die Studierenden einen eigenen Platz haben.

Dem Institut Architektur gehören acht gestalterische, künstlerische und planerische Fachgebiete an.