Die Anfänge der FMPA gehen zurück auf das Jahr 1958, in dem durch Prof. Dahl an der neugegründeten Hochschule für Bauwesen ein Labor für Bau- und Werkstoffe eingerichtet wurde. Seit der Anerkennung dieses Labors als Prüfstelle durch das damalige Amt für Standardisierung, Messwesen und Warenprüfung (ASMW) im Jahre 1964 werden am Standort Cottbus auch Aufgaben der amtlichen Materialprüfung für das Bauwesen wahrgenommen.

In Analogie zu den Materialprüfanstalten der Altbundesländer (z.B. Aachen, Braunschweig, Hannover, Karlsruhe, Stuttgart, München) wurden die Synergie-Effekte aus dem Zusammenspiel von Materialprüfung, Forschung sowie Aus- und Weiterbildung als förderlich für die Wissensgewinnung und den Wissenstransfer angesehen. Mit der Errichtung eines Bautechnikums (heutiges FMPA-Gebäude) an der Hochschule für Bauwesen im Jahre 1979 ergaben sich neue Möglichkeiten für die Übernahme stofflich-technologisch und baukonstruktiv orientierter Forschungsaufgaben. Das Bautechnikum diente als experimentelles Zentrum der Bauingenieurausbildung.

Kurz nach der Gründung der Technischen Universität Cottbus im Jahre 1991 beschloss der Gründungssenat die Bildung einer Forschungs- und Materialprüfanstalt (FMPA) als zentrale Einrichtung der Universität. Dabei wurde gewürdigt, dass die FMPA mit der Versuchshalle (1530 m²), mit den Laboren und Werkstätten (2040 m²) sowie mit dem Freigelände auch heute noch eine im deutschsprachigem Raum großzügige Einrichtung darstellt. Die kontinuierliche Modernisierung und Erweiterung der Prüf- und Anlagentechnik wird seitdem mit Unterstützung des Präsidiums der BTU vorangetrieben.